Sie können als Eigentümer von Eigentumswohnungen (WEG) zwei Anlagen auf einem Dach getrennt betreiben und den Strom auch getrennt einspeisen. Da das Dach aber zum Gemeinschaftseigentum gehört, ist eine Änderung der Teilungserklärung oder eine Vereinbarung aller Wohnungseigentümer der WEG mit entsprechender Eintragung ins Grundbuch nötig.
Bei der Berechnung der Vergütungshöhe nach § 32 EEG könnten die Anlagen außerdem nach § 19 EEG wie eine Anlage behandelt werden, wenn die Anlagen innerhalb eines Zeitraumes von 12 Monaten in Betrieb genommen werden. Für die später in Betrieb gehende Anlage würde als Leistung bei Berechnung der Vergütung pro kWh dann die Leistung beider Anlagen zusammengezählt. Wenn hierdurch die Schwelle von 10 bzw- 40 kWp überschritten wird, bekommt der Betreiber dieser Anlage entsprechend weniger Vergütung.
Wenn das vom Gesetzgeber unterstellte mißbräuchliche "Anlagensplitting" jedoch tatsächlich gar nicht vorliegt, kann man sich eventuell darauf berufen, dass im wirtschaftlichen Sinne nicht ein Grundstück im Sinne des § 19 vorliege, sondern zwei. Dies wird aber bei Wohnungseigentümergemeinschaften nach Maßgabe der Empfehlung des Clearingstelle 2008/49 vom 14.4.2009 normalerweise nicht anerkannt (http://www.clearingstelle-eeg.de/files/private/active/0/2008-49_Empfehlung.pdf).
Es ist aber sicherlich nicht aussichtslos, es dennoch zu versuchen. Hierzu sollten Sie sich aber individuell von einem entsprechend spezialisierten Rechtsanwalt beraten lassen.